Inscrits dans le cadre de l’IRN ASACHA (Agroecology for Sustainable Aquaculture in a Context of Global Changes), les travaux de recherche visent à mieux comprendre comment les maladies des poissons, les pollutions et les pratiques d’élevage s’entrecroisent dans les principaux systèmes aquacoles d’Afrique de l’Ouest. Ce qui a permis l’étude de 20 zones agroécologiques où l’aquaculture est pratiqué en Côte d’Ivoire et au Sénégal grâce à la collaboration étroite avec l’Université Jean Lorougnon Guédé (Côte d’Ivoire), l’Université Cheikh Anta Diop et l’Université Gaston Berger de Saint-Louis (Sénégal), ainsi qu’avec des associations de pisciculture telles que l’Union des pisciculteurs du département de Zoukougbeu et l’Association nationale des acteurs de la filière aquacole du Sénégal. 

Pour comprendre quelles maladies touchent réellement les poissons, il ne suffit pas d’observer les symptômes. En effet, les mêmes signes cliniques peuvent être causés par des agents pathogènes différents, et certaines infections restent invisibles pendant longtemps. Il est donc essentiel d’identifier précisément les agents responsables pour mettre en place des mesures de prévention et de traitement adaptées. Dans cette optique, nous avons mis en œuvre, avec les équipes partenaires, une stratégie de diagnostic moléculaire reposant sur la PCR quantitative (qPCR). Sur le terrain, les paramètres physico-chimiques de l’eau et l’état sanitaire des poissons ont été documentés, et des échantillons ont été prélevés puis acheminés vers les laboratoires partenaires pour analyse. Au laboratoire, la PCR quantitative (qPCR) a été utilisée comme outil de diagnostic pour détecter les bactéries et les virus dans les échantillons prélevés dans les fermes, grâce à une sensibilité suffisante pour les mettre en évidence même lorsqu’ils ne sont présents qu’en très faibles quantités. En plus de produire des données précises sur leur présence dans les élevages visités, cette démarche a constitué un véritable moment d’échanges et de formation avec les partenaires en Côte d’Ivoire et au Sénégal, en renforçant leurs compétences et leur autonomie en matière de diagnostic moléculaire et de surveillance sanitaire des systèmes aquacoles.

En parallèle, des enquêtes socio-économiques menées en français et en langues locales (notamment le sénoufo et le wolof), permettent de mieux comprendre les réalités des fermes aquacoles : organisation du travail, pratiques d’élevage, circulation des animaux, mais aussi usage des antibiotiques, des antiparasitaires et des pesticides, et la manière dont les éleveurs les perçoivent. Ces informations aident à relier les pratiques de terrain à leurs effets potentiels sur la santé des poissons, la qualité de l’eau et l’environnement. En croisant ces données avec les résultats biologiques et environnementaux, cette approche intégrée, qui associe sciences biologiques, sociales et environnementales, vise à dresser un tableau plus complet des dynamiques de production et des risques sanitaires liés à l’aquaculture, et à co-construire avec les acteurs locaux des stratégies de gestion réalistes et adaptées au contexte ouest-africain.

Ces travaux ont déjà permis de dégager plusieurs premiers enseignements. Les analyses moléculaires ont mis en évidence, dans plusieurs fermes, la présence de bactéries des genres Aeromonas, Edwardsiella, Streptococcus ou Lactococcus, dont certaines espèces sont potentiellement zoonotiques, parfois chez des poissons sans signes cliniques, ce qui suggère une circulation silencieuse des agents infectieux. Les enquêtes montrent une grande diversité de pratiques d’élevage, un usage fréquent d’antimicrobiens hors encadrement vétérinaire et une forte intégration agriculture–aquaculture, tandis que les mesures de biosécurité restent peu appliquées, en partie du fait de contraintes socio-économiques. Les taux de mortalité rapportés varient de quelques pour cent à plus de la moitié des poissons selon les sites, et ce croisement entre données de terrain et analyses moléculaires met en évidence des contextes favorables à l’émergence ou à la diffusion de maladies et d’antibiorésistance, alors même que les pisciculteurs s’efforcent d’adapter leurs pratiques pour tendre vers des modèles d’aquaculture plus durables.

L’un des volets phares des activités menées concerne le renforcement des capacités et la formation des acteurs de la recherche et du développement aquacole. Deux sessions de formation ont été organisées à l’Université Jean Lorougnon Guédé (UJLoG) en Côte d’Ivoire et à l’Université Gaston Berger (UGB) au Sénégal. Ces formations, alliant théorie et pratique, ont été organisées en partenariat avec l’UFR Environnement de l’UJLoG pour la Côte d’Ivoire, et avec l’UFR des Sciences Agronomiques et le LaBAAM, en collaboration avec le Laboratoire de Microbiologie de l’UFR2S pour l’UGB. Elles ont permis de former une quarantaine de participants, dont doctorants, jeunes chercheurs et techniciens, aux techniques de biologie moléculaire, de séquençage et de phylogénie.

Par ailleurs, une restitution des résultats a été réalisée avec les acteurs de la filière aquacole, notamment en Côte d’Ivoire, afin de favoriser le dialogue entre chercheurs, pisciculteurs et décideurs sur les enjeux sanitaires et environnementaux de l’aquaculture.

À terme, cette démarche vise à favoriser une aquaculture plus durable, plus résiliente et plus sûre, tant pour les écosystèmes que pour les populations animales et humaines. En renforçant les compétences locales en matière de diagnostic, de surveillance et de gestion des risques infectieux, elle contribue à poser les bases d’une véritable santé intégrée appliquée à l’aquaculture africaine.

Source : IRD