L’aquaculture – l’élevage de poissons et d’autres organismes aquatiques – est le système de production alimentaire à la croissance la plus rapide au monde.

La croissance la plus marquée de l’aquaculture se produit en Afrique. Les taux de croissance annuels moyens ont dépassé 10 % ces dernières années, mesurés par la valeur de production.

Au cours des dix dernières années sur le lac Victoria, partagé entre le Kenya, l’Ouganda et la Tanzanie, l’aquaculture s’est transformée d’une petite entreprise en une industrie commerciale vaste et diversifiée.

Le lac Victoria est le deuxième plus grand lac d’eau douce au monde en superficie. L’aquaculture en cage, l’élevage de poissons en cage, s’est rapidement développée dans le lac. Les cages sont faites de filets encadrés et sont principalement peuplées de tilapia du Nil. Le nombre de poissons dans une ferme en cage varie de dizaines à des centaines de milliers. Ce secteur représente environ 25 % du poisson produit par le Kenya.

Ces fermes en cage soutiennent la nutrition et les moyens de subsistance de plus de 40 millions de personnes dans le bassin du lac.

Nous sommes des scientifiques de l’environnement qui étudient les menaces biologiques pour la santé publique. Grâce à nos recherches, nous avons constaté que cette industrie fait face à deux défis interconnectés : la mortalité des poissons à grande échelle ; et la résistance aux médicaments utilisés pour traiter les poissons malades.

Les morts répétées à grande échelle sont appelées meurtres de poissons. Ils entraînent la mort rapide de centaines de milliers, voire parfois des millions, de poissons en quelques jours. Beaucoup d’éleveurs qui trouvent des poissons morts dans leurs cages les jettent simplement dans le lac, où ils peuvent facilement s’éjecter contre une autre cage et transmettre des maladies.

Les éleveurs et les professionnels de la santé des poissons utilisent souvent des antimicrobiens, des médicaments comme les antibiotiques, pour gérer et traiter les maladies infectieuses. Mais la résistance aux antimicrobiens est une menace croissante. Une mauvaise utilisation de ces médicaments alimente l’émergence de bactéries résistantes, rendant les traitements inefficaces.

En raison de l’ampleur de ces problèmes, nous avons entrepris d’examiner systématiquement à la fois les causes des décès massifs des poissons et la propagation de la résistance aux antimicrobiens dans l’industrie de l’aquaculture en cage du lac Victoria.

Notre étude a été menée au Kenya. Nous avons constaté que les décès de poissons dans l’industrie de la tilapia au lac Victoria sont probablement causés par des problèmes de qualité de l’eau. Cela inclut de faibles niveaux d’oxygène, la pollution et des proliférations d’algues nocives. Les proliférations d’algues désignent la croissance rapide et la décomposition subséquente des algues. Cela peut entraîner la libération de toxines et une baisse rapide des niveaux d’oxygène dissous.

Ces problèmes de qualité de l’eau créent des ouvertures pour que les bactéries infectieuses prospèrent.

Pour y remédier, nous suggérons :

• Des systèmes de déclaration des maladies renforcés pour permettre une réponse rapide des autorités du secteur

• Diagnostic amélioré pour déterminer la cause des mortalités des poissons

• Des directives claires pour l’utilisation des antimicrobiens chez les agriculteurs.

Sans ces interventions, la durabilité d’une industrie en pleine croissance – et la sécurité alimentaire de millions de personnes en Afrique de l’Est – restent menacées.

 

Nos résultats

 

Notre étude a examiné 172 exploitations de fermes en cage. Celles-ci se trouvaient dans les cinq comtés kenyans du lac Victoria (Kisumu, Siaya, Busia, Homa Bay et Migori).

Nous avons interrogé les perceptions et les réactions des éleveurs en cage face aux meurtres de poissons. Nous avons également mené une enquête à réponse rapide sur un événement de mortalité massive liée au tilapia, ainsi qu’une surveillance des maladies. Enfin, nous avons testé la résistance antimicrobienne des agents pathogènes bactériens identifiés.

Entre 2020 et 2023, les agriculteurs de notre étude ont rapporté 82 épisodes de tuerie de poissons à grande échelle dans le lac Victoria, avec plus de 1,8 million de tilapias décédées.

Ces événements eurent des conséquences économiques majeures, mais les reportages et le traitement furent limités.

Nous avons constaté que seulement 39 % des agriculteurs ont informé les autorités kényanes concernées. Cela inclut l’Institut de recherche marine et halieutique du Kenya, le Service des pêches du Kenya et les bureaux des pêches des comtés.

Seulement 17 % ont tenté un traitement. Cela impliquait généralement d’appliquer du sel dans l’eau sans obtenir de diagnostic. Cela met en lumière des lacunes dans les systèmes de déclaration et l’accès aux services de santé des poissons.

Les agriculteurs attribuaient principalement la mort des poissons à une mauvaise qualité de l’eau. Près de 90 % des liens perçus entre des changements de couleur et d’odeur de l’eau, des températures élevées ou des proliférations d’algues.

Les proliférations d’algues nuisibles se produisent lorsque le phytoplancton (de minuscules organismes dans l’eau) se multiplie rapidement puis se décompose. Ces proliférations produisent des toxines dangereuses et peuvent rapidement diminuer les niveaux d’oxygène dissous dans l’eau. Ils peuvent entraîner la mort des poissons et affecter la santé humaine si les gens consomment des poissons contaminés ou boivent l’eau.

Les proliférations d’algues nuisibles dans le lac Victoria sont provoquées par le ruissellement des industries et l’utilisation excessive d’engrais.

Un plus petit nombre d’agriculteurs a évoqué des activités humaines telles que le stockage, la manipulation ou la pollution.

Très peu associaient directement les mortalités à la maladie. Cela reflète probablement une formation limitée à reconnaître les signes cliniques d’infection.

Notre enquête rapide sur une importante mortalité de poissons dans le comté de Busia a confirmé ces observations. À notre arrivée, nous avons trouvé de l’eau décolorée et malodorante. On y trouvait des mollusques morts flottants et de faibles niveaux d’oxygène dissous, des conditions typiques des proliférations d’algues nuisibles.

À partir de tilapia fraîchement décédée, nous avons isolé trois agents pathogènes bactériens : Aeromonas jandaei, Enterobacter hormaechei et Staphylococcus epidermidis. Ces agents pathogènes opportunistes provoquent souvent des maladies secondaires à un facteur de stress primaire, comme une mauvaise qualité de l’eau ou une manipulation brutale.

C’était la première fois que des agents pathogènes bactériens étaient identifiés avec succès lors d’un meurtre de poissons dans le lac Victoria.

Nous avons constaté que les agents pathogènes bactériens de la tilapia étaient plus fréquemment trouvés dans les fermes en cage avec des filets bouchés, probablement parce que ces filets réduisent la circulation de l’eau et détériorent la qualité de l’eau en cage.

Enfin, les tests de résistance aux antimicrobiens ont révélé des souches résistantes parmi les échantillons bactériens.

Ces résultats peuvent guider les vétérinaires et les décideurs dans la prise de décisions concernant l’utilisation des antimicrobiens en aquaculture.

 

Et ensuite

 

Nos résultats mènent à une conclusion centrale : les agents pathogènes opportunistes sont répandus dans le lac Victoria. Et les épidémies de maladies des poissons sont souvent causées par une mauvaise qualité de l’eau.

L’action est nécessaire à plusieurs niveaux.

À l’échelle du paysage, le ruissellement des nutriments dans le lac doit être réduit. Cela nécessite l’amélioration des infrastructures sanitaires et la promotion d’une utilisation plus efficace des engrais en agriculture. Cela aidera à prévenir les proliférations d’algues nuisibles.

Les pisciculteurs peuvent :

• Installez des cages dans des eaux plus profondes avec une meilleure circulation

• Gardez les filets de cage propres pour permettre au flux de l’eau

• Éliminez les poissons morts en compostant ou en brûlant plutôt que de les remettre dans le lac

• signaler rapidement les événements de mortalité afin que les autorités puissent enquêter

• Améliorer les pratiques alimentaires, comme l’utilisation d’aliments de haute qualité et l’évitement de la suralimentation, afin de réduire la charge de nutriments dans le lac.

Une approche One Health, qui reconnaît l’interconnexion entre la santé humaine, animale et environnementale, est importante pour la durabilité de l’aquaculture du lac Victoria.

Cela signifie surveiller la qualité de l’eau et la pollution, et établir des collaborations intersectorielles pour une réponse rapide aux maladies. Les agriculteurs ont aussi besoin de formation.

Des pratiques de production améliorées peuvent initialement réduire le besoin d’antibiotiques. Des systèmes de surveillance coordonnés et une collaboration intersectorielle peuvent contribuer à promouvoir leur utilisation responsable.

Source : The conversation